【MPI】MPICH2をUbuntuノートPCにインストール

UbuntuノートPCのCPUがIntel AtomでデュアルコアでMPIが使える。ということで、MPICH2をインストールする。

Step1. まずはmpich2-1.2.1p1.tar.gzをtmpフォルダにダウンロードし、解凍する。

$ cd /tmp
$ wget http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.2.1p1/mpich2-1.2.1p1.tar.gz
$ tar xfz mpich2-1.2.1p1.tar.gz

ここでは、/etc/apt/sources.listを修正することでUbuntuのサイトからパッケージをaptitude等で自動インストールすることができるとあるが、その場合、自分の好きなフォルダにインストールできないので直接インストールすることとした。

Step2. 次に、mpich2をインストールするフォルダを作成する。今回は、"/opt/mpich2/"にインストールする。

$ mkdir /opt/mpich2

Step3. mpich2の設定を行う。FortranコードはIntel Fortran Compiler ("ifort")を使いたいので、.bashrcを開いて、

$ cd $HOME
$ emacs .bashrc

以下を入力する。ついでに、PATHを通しておく。(※既にIntel Fortran Compilerをインストールしていることを前提。インストールについては、こちらを参照)

export FC=/opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/ia32/ifort
export F77=/opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/ia32/ifort
export F90=/opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/ia32/ifort

export PATH*/opt/mpich2/bin:$PATH

※どのようなコンパイラが使われるかの確認は、インストールが完全に終わった後に、

$ mpich2version

で確認できる。

Step4. mpich2-1.2.1p1.tar.gzの解凍先のフォルダに移動し、次の設定を行い、makeし、root権限でmake installする。

$ cd /tmp/mpich2-1.2.1p1
$ ./configure --prefix=/opt/mpich2 --enable-f77 --enable-f90 --enable-debuginfo
$ make
$ sudo su -
# passwd
# make install

Step5. ホームディレクトリに".mpd.conf"を作成し、

$ cd $HOME
$ touch .mpd.conf
$ chmod 600 .mpd.conf

以下の一行を書き加える。

secretword=xxxxxx

ここで"xxxxxx"は自分の好きなワード。

Note1. Fortranソースコードのコンパイルの仕方は

$ mpif90 filename.f90

で"a.out"が作成される。

Note2. "a.out"の実行は、例えば

$ mpiexec -n 2 ./a.out

でできる。"-n 2"はプロセス数を指定。実行ファイルの前の"./"はマニュアルに書いてないが必要。

Note3. "include 'mpif.h'"をメインファイル"main.f90"ではなく、モジュールファイル"module.f90"に含みたいとき、コンパイル&リンクが必要。コンパイル・リンクを同時に行い、nprocsのプロセス数で実行するには次のように入力する。

$ mpif90 -o filename.out module.f90 main.f90
$ mpiexec -n nprocs filename.out